Добавил путь к конфигурации logback в генерируемый sample.bat

build.gradle

@@ -98,4 +98,8 @@ jar{
                 'Class-Path': configurations.runtimeClasspath.collect { it.name }.join(' ') + " ${ncoreGenerateControlDataJar.archiveName}"
         )
     }
+}
+
+startScripts{
+    project.startScripts.defaultJvmOpts = ['-Dlogback.configurationFile=./config/logback.xml']
 }