Добавил путь к конфигурации logback в генерируемый sample.bat

build.gradle

@@ -99,3 +99,7 @@ jar{
         )
     }
 }
+
+startScripts{
+    project.startScripts.defaultJvmOpts = ['-Dlogback.configurationFile=./config/logback.xml']
+}